Présentation de la Plateforme qPHD

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Préambule : La plateforme de PCR quantitative Haut débit est issue d’une volonté de mutualisation de moyens du PFR Biologie Santé et du PFR EVAP.

 

  1. Presentation de la plateforme qPCR Haut Débit (qPHD) Montpellier GenomiX

Les activités principales de la plateforme qPCR Haut debit (qPHD) Montpellier génomiX sont la quantification de l’expression génique par PCR quantitative (qPCR), la détection/quantification virale ou bactérienne, et le génotypage par courbe de fusion haute résolution (HRM). La plateforme est régulièrement utilisée par plus de 30 équipes de recherche originaires d’institutions très diverses : Universités, CNRS, INSERM, INRA, CIRAD, GERDAT, IFREMER.

De par son appartenance au réseau Montpellier GénomiX, la plateforme est labéllisée IBIsA.

Equipment et services :

Nous apportons à nos utilisateurs une gamme complète de services : préparation d’échantillons, contrôle qualité de l’ARN, assemblage robotisé des plaques de réactions, acquisition des mesures, expertise dans le domaine de la conception des expériences, le traitement, l’analyse et l’interprétation des données

Notre plateforme propose ainsi les services et équipements suivants :

  1. Broyeur mécanique d’échantillons RETSCH, Pour broyage lyse et extraction des Acides nucléiques d’échantillons difficiles collectés sur le terrain. De 1 à 192 échantillons peuvent âtre traits en une opération.

  2. Préparation robotisée d’ADN ou ARN, basée sur notre pipeteur Perkin-Elmer Janus, équipé d’un ‘manifold’ d’extraction à dépression contrôlée et du logiciel adéquat pour extraire de 8 à 96 échantillons en une opération.

  3. Contrôle Qualité de l’ARN total par électrophorèse Capillaire sur puce Bioanalyzer Agilent 2100. C’est un pré requis indispensable avant l’utilisation de l’ARN dans des expériences de transcriptomique ou de qPCR. Une puce permet d’analyser 12 échantillons.

  4. Préparation robotisée de plaques 96 et 384 puits par le pipeteur automatisé Perkin Elmer Janus pipeting Nous écrivons et validions les programmes robotiques en fonction des besoins spécifiques de chaque utilisateur.

  5. Conception de sondes et d’amorces pour la qPCR et le génotypage HRM, Simulations Informatique des courbes de fusion par des logiciels standards ou des logiciels développés en interne. Les utilisateurs disposent d’une station de travail pour traiter les résultants sur place.

  6. Cycleurs qPCR : Nous disposons d’un instrument à Haut Débit Roche Light Cycleur 480 qui permet de réaliser jusqu’à 384 points de mesure en une opération. Un instrument à capillaire maintenant obsolete pour la recherché (capacité 32 échantillons) est conservé à but éducatif pour les TP d’étudiants. Les 2 instruments sont en réservation libre sur internet.

Tous nos instruments et services sont en accès ouvert à tous les membres de la communauté scientifique, ainsi qu’aux entreprises biotech régionales. Nous fournissons les consommables (Kits, nanochips, plaques PCR, réactifs spéciaux...) que nous obtenons de nos fournisseurs à des prix très fortement négociés vu notre volume d’activité. Cependant chaque utilisateur est libre d’utiliser ses propres réactifs après notre aval technique.

Nous facturons les consommables et le temps machine. Ces revenus permettent de financer le coût de maintenance des appareils.

 

  1. Necessité d’investir dans un nouvel instrument de qPCR haut débit :

 

graphe activité

Le graphe ci-dessus résume l’évolution de notre activité et l’état actuel de la situation : en abscisse l’axe du temps divisé en mois, en ordonnée, le nombre d’expériences réalisées par mois sur la le cycleur LC480 de la plateforme.

Depuis le début de l’activité qPCR de la plateforme en 2007, l’utilisation de nos instruments est en croissance régulière. Plus de 45 chercheurs/étudiants de provenances diverses utilisent régulièrement le cycleur LC480. Le premier pic de saturation du LC480 (140 manips/mois) est apparu durant le premier semestre 2009, après la mise en service du robot pipeteur Janus, qui accélère considérablement l’assemblage des plaques qPCR, et permet donc la mise en route de projets plus ambitieux (gros projets de validations de cibles transcriptomiques, et de génotypage de populations). Plusieurs projets de grosse à moyenne importance (typiquement 5000-10000 points de mesure) ont été ainsi réalisés avec l’équipement actuel Janus+LC480. Comme l’approche c’est révélée fructueuse, plusieurs autres groupes envisagent maintenant des projets impliquant des nombres d’échantillons et de gènes accrus. C’est particulièrement le cas de laboratoires qui travaillent dans les sciences de l’agronomie, de l’évolution et de l’environnement qui sont maintenant pleinement ouverts aux méthodes de la biologie moléculaire et voient s’ouvrir de nouveaux horizons expérimentaux grâce aux méthodes de PCR à haut débit. De plus, la mise en place progressive de l’extraction robotisée d’échantillon (Retsch + Janus) va permettre d’accéder à des numérosités jusque là difficilement concevables.

La saturation suivante se reproduit en Mars/avril 2010 avec maintenant une file d’attente qui dépasse 2 semaines. Les pics d’activité sont clairement saisonniers (fin des stages M2), mais la progression générale montre qu’il devient nécessaire à court terme de doubler notre capacité qPCR par l’achat d’un second instrument.