Présentation du BioAnalyzer Agilent 2100

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L’instrument dont nous disposons permet l’électrophorèse capillaire d’ADN, ARN, protéines, puis l’analyse automatisée des électrophérogrammes.

(Nous ne sommes pas équipés pour les applications cellules).

 

Cet instrument permet l’analyse précise et rapide de la qualité et de la quantité des ARN, de la taille et de la quantité des produits de PCR, des fragments de restriction.

Le temps d’acquisition-analyse typique est de l’ordre de 30-45 min.

 

Le Bioanlyzer utilise des cassettes microfluidiques à usage unique (baptisées Lab-On-Chip), chaque cassette permet de 11 à 12 points d’analyse + un standard. Chaque cassette ne permet qu’un seul run.

 

Pour le moment nous disposons de 3 formats de kits :

 

RNA 6000 Nano ARN total et ARNm taille jusqu'à 6000 nt, Volume dépôt 1µL

Quantitative range ARN total 25–500 ng/?l, ARNm 25–250 ng/?l

Qualitative range ARN total  5–500 ng/?l, ARNm 25–250 ng/?l12 Echantillons par plaque + 1 standard 

RNA 6000 Pico ARN total et ARNm taille jusqu'à 6000 nt, Volume dépôt 1?l

ARN total 50–5000 pg/?l ARNm 250–5000 pg/?l11 Echantillons / plaque, 2 standards  

DNA 1000 (ADN jusqu'à 1000 pb) depot 1µL

Quantitative range 0.1–50 ng/?l

Sizing range 25–1000 bpTypical sizing resolution ± 5 bp 25–100 bp± 5 % 100–500 bp± 10 % 500–1000 bpSizing accuracy ± 10 % (for ladder as sample)Sizing reproducibility 5 % CV (for ladder as sample)Quantitation accuracy 20 %* CV (for ladder as sample)Quant. reproducibility 25-500 bp: 15 % CV; 500-1000 bp: 5 % CV (for ladder as sample)12 Echantillon / plaque  

Vous trouverez ici les divers formats de kits disponibles chez Agilent :

(attention il faut s'inscrire sur leur site pour pouvoir télécharger les notes en PDF)

http://www.chem.agilent.com/scripts/literatureresults.asp?irecordcount=1000&iLanguage=8&iprodgroup=19&iprodinfotype=99

  

Pour en savoir plus sur les capacités de cette machine, vous trouverez des notes d'applications à l'adresse suivante :

(attention il faut s'inscrire sur leur site pour pouvoir télécharger les notes en PDF)

http://www.chem.agilent.com/scripts/LiteratureResults.asp?iprodinfotype=4&imodel=1115

  

Pour votre information, vous conseille de lire : 

-    
5989-3542ENAgilent 2100 bioanalyzer - Application Compendium
sachant que les pages 5-23 ne nous concernent pas, notre instrument n’est pas équipé pour les applications cellule.

-     qui explique les critères utilisés pour qualifier l’intégrité des ARN.

 

Pour le moment les modalités d’utilisation de l’instrument sont en cours de définition, car le format ‘microchip à usage unique’ impose un certain niveau d’organisation pour ne pas gaspiller d’argent :

Je réfléchis et vous vous propose plusieurs modes de fonctionnement possibles et pas forcément mutuellement exclusifs :

-    Principe du ‘Taxi brousse’ : les utilisateurs amènent leurs échantillons, quand on a 12 échantillons on lance une analyse. Même si le taxi brousse n’est pas plein, il démarre le vendredi matin. Nous proposons d’essayer de mettre en ‘Taxi brousse’ une plaque RNA 6000 nano.

-    Appareil en ‘libre service’ pour les utilisateurs ayant suivi la formation : L’utilisateur arrive avec ses échantillons (idéalement en multiples de 12), prépare et analyse ses plaques. Ceci repose sur la confiance car l’instrument nécessite des opérations (certes simples) de lavage avant et après chaque run.

 

En ce qui concerne la facturation, le prix du point d’analyse est fixé à 2.70 EUHT

 

Je suis en train de mettre en place le système de réservation, qui sera accessible depuis ce site.

 

Je suis à votre disposition pour toutes discussions et pour vous envoyer les guides et les notes d’application Agilent.

  

Philippe Clair,

Plateforme qPCR et Interactions moléculaires

Univ Montpellier II

   

Notes d’applications disponibles sur le site Agilent:

Publication NumberTitlePub TypeLast Updated
5989-7177ENForensics CompendiumAN1/2008
5989-7171ENIdentification of red and white blood cells from whole blood samples using the Agilent 2100 bioanalyzerAN12/2007
5989-3542ENAgilent 2100 bioanalyzer - Application CompendiumAN7/2007
5989-6836ENUse of the Agilent 2100 Bioanalyzer for Basmati Rice Authenticity TestingAN6/2007
5989-2626ENLabel-free analysis of microsatellite instability in colorectal carcinoma by on-chip electrophoresisAN5/2007
5980-0321EAnalysis of Cy5-labeled cRNAs and cDNAs using the Agilent 2100 Bioanalyzer and the RNA 6000 LabChip kitAN10/2006
5989-3514ENMeasuring the METH-2 promoter hypermethylation and transcript downregulation in non-small cell lung carcinomas with the Agilent 2100 bioanalyzerAN10/2006
5989-1165ENRNA Integrity Number (RIN) - Standardization of RNA Quality ControlAN9/2006
5989-5215ENAnalysis of small RNAs with the Agilent 2100 bioanalyzerAN7/2006
5989-0192ENRapid detection of genomic duplications and deletions using the Agilent 2100 bioanalyzerAN6/2006
5989-4313ENDetection of a point mutation in the prothrombin gene with the Agilent 2100 bioanalyzerAN1/2006
5989-4458ENInterference of SybrGreen in detecting PCR amplicons with the Agilent 2100 bioanalyzerAN1/2006
5989-4278ENThe Agilent 2100 Bioanalyzer System - A compliant Tool in the Life Sciences IQ OQ/PV 21CFR part 11AN1/2006
5989-2487ENDNA QC for Oligonucleotide Array CGH (aCGH) with the Agilent 2100 BioanalyzerAN11/2005
5988-8554ENHigh sensitivity quality control of RNA samples using the RNA 6000 Pico LabChip kitAN8/2005
5988-2281ENThe Total RNA StoryAN8/2005
5988-4323ENCell fluorescence assays on the Agilent 2100 bioanalyzerAN8/2005
5988-4070ENAnalysis of genetically modified soya using the Agilent 2100 bioanalyzerAN8/2005
5988-4069ENDevelopment of meat speciation assays using the Agilent 2100 bioanalyzerAN8/2005
5988-4847ENDetecting genetically modified organisms with the Agilent 2100 bioanalyzerAN8/2005
5988-3674ENQuantitative end-point RT-PCR gene expression measurement using the Agilent 2100 Bioanalyzer and standardized RT-PCRAN8/2005
5988-4022ENOptimization of protein purification using the Agilent 2100 BioanalyzerAN8/2005
5989-3336ENQuality Control for the Agilent 2100 Bioanalyzer Protein 200 Plus LabChip KitsAN7/2005
5989-2934ENDetection of Apoptosis in Primary Cells by Annexin V Binding Using the Agilent 2100 BioanalyzerAN6/2005
5989-3107ENUsing the 2100 Bioanalyzer to Optimize the PCR Amplification of Mitochondrial DNA SequencesAN5/2005
5989-2718ENCytometric Analysis of Upregulated Functional Gene Expression in Primary Cells by On-Chip StainingAN5/2005
5989-1086ENStringent RNA quality control using the Agilent 2100 bioanalyzerAN4/2005
5989-1644ENA new method for the calculation of baculovirus titre using the Agilent 2100 bioanalyzer and the flow cytometry kitAN10/2004
5989-0991ENAssessing genomic DNA contaminations of total RNA isolated from kidney cells obtained by Laser Capture Microdissection using the Agilent RNA 6000 Pico assayAN6/2004
5988-3001ENInterpreting mRNA electropherogramsAN5/2004
5989-0712ENSuccessful analysis of low RNA concentrations with the Agilent 2100 bioanalyzer and the RNA 6000 PicoAN4/2004
5989-0746ENFlow cytometric analysis of a limited number of cells using the Agilent 2100 bioanalyzerAN4/2004
5989-0771ENUsing the Agilent 2100 bioanalyzer for quality control of protein samples prior to MS-analysisAN4/2004
5989-0487ENMutation detection for the K-ras and P16 genesAN2/2004
5988-9861ENAdvancing the quality control methodology to assess isolated total RNA and generated fragmented cRNAAN12/2003
5988-7650ENQuantitation comparison of total RNA using the Agilent 2100 bioanalyzer, ribogreen analysis and UV spectrometryAN12/2003
5988-9342ENHighly efficient multiplex PCR using novel reaction chemistryAN12/2003
5989-0078ENMicrofluidic analysis of multiplex PCR products for the genotyping of Helicobacter pyloriAN12/2003
5989-0332ENGlycoprotein sizing on the Agilent 2100 bioanalyzerAN12/2003
5989-0228ENIncreased sensitivity by desalting protein samples prior to analysis on the Agilent 2100 bioanalyzerAN11/2003
5989-0103ENConfirming gene silencing mechanism by pGFP/GFP22 - siRNA co-transfectionAN9/2003
5988-9872ENsiRNA transfection optimization with the Agilent 2100 bioanalyzerAN8/2003
5988-9911ENEvaluation of albumin removal using the Agilent 2100 bioanalyzerAN8/2003
5988-9341ENSensitive detection of tumor cells in peripheral blood of carcinoma patients by a reverse transcription PCR methodAN6/2003
5988-9128ENQuality assurance of RNA derived from laser microdissected tissue samples obtained by the PALM MicroBeam system using the RNA 6000 Pico LabChip kitAN6/2003
5988-9651ENAnalysis of bispecific antibodies using the Agilent 2100 bioanalyzer and the Protein 200 Plus assayAN5/2003
5988-9648ENQuality control of antibodies using the 2100 bioanalyzer and the Protein 200 Plus assayAN5/2003
5988-8630ENProtein purification and characterization using the 1100 Series purification system and the 2100 bioanalyzerAN2/2003
5988-0975ENProtein sizing and analysis using the Agilent 2100 Bioanalyzer and Protein 200 LabChip kitAN1/2003
5988-1086ENAgilent 2100 Bioanalyzer replaces gel electrophoresis in prostate cancer researchAN1/2003
5988-8322ENFast analysis of proteins between 5–50 kDA using the Agilent 2100 bioanalyzer and Protein 50 assayAN12/2002
5988-8154ENFlow cytometric analysis of human primary cells using the Agilent 2100 bioanalyzer and on-chip stainingAN11/2002
5988-8144ENUsing the Agilent 2100 bioanalyzer for analysis of His-tag removal from recombinant proteinsAN10/2002
5988-8028ENMeasuring multiple apoptosis parameters with the Agilent 2100 bioanalyzerAN10/2002
5988-7296ENMonitoring transfection efficiency in cells using an on-chip staining protocolAN8/2002
5988-7297ENA fast protocol for apoptosis detection by annexin V with the Agilent 2100 bioanalyzerAN8/2002
5988-7111ENDetecting cell surface proteins with the Agilent 2100 bioanalyzer by on-chip antibody stainingAN8/2002
5980-2206EComparing performance of the Agilent 2100 Bioanalyzer to traditional RNA analysis techniquesAN7/2002
5988-6576ENComparison of different protein quantitation methodsAN4/2002
5988-4320ENMonitoring transfection efficiency by green fluorescent protein (GFP) detection with the Agilent 2100 bioanalyzerAN4/2002
5988-4322ENDetection of antibody-stained cell surface and intracellular protein targets with the Agilent 2100 bioanalyzerAN4/2002
5988-4319ENApoptosis detection by annexin V and active caspase-3 with the Agilent 2100 bioanalyzerAN4/2002
5980-0472ECharacterization of RNA Quality using the Agilent 2100 BioanalyzerAN4/2002
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5980-0549EComparing the Agilent 2100 Bioanalyzer performance to traditional DNA analysis techniquesAN4/2002
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5988-5025ENComparison of different methods for purification analysis of a green fluorescent Strep-tag fusion proteinAN11/2001
5988-4322ENDetection of antibody-stained cell surface and intracellular protein targets with the Agilent 2100 bioanalyzerAN11/2001
5988-4319ENApoptosis detection by annexin V and active caspase-3 with the Agilent 2100 bioanalyzerAN10/2001
5988-4320ENMonitoring transfection efficiency by green fluorescent protein (GFP) detection with the Agilent 2100 bioanalyzerAN10/2001
5968-7495EAnalysis of messenger RNA with the Agilent 2100 BioanalyzerAN10/2001
5968-7493EAnalysis of total RNA with the Agilent 2100 BioanalyzerAN10/2001
5968-7501EHigh precision restriction fragment sizing with the Agilent 2100 bioanalyzerAN10/2001
5968-7496EQuantitative Analysis of PCR Fragments with the Agilent 2100 BioanalyzerAN10/2001
5988-4021ENAbsolute quantitation with the Agilent 2100 Bioanalyzer and the Protein 200 LabChip kitAN9/2001
5988-3119ENOptimizing cRNA fragmentation for microarray experiments using the Agilent 2100 bioanalyzerAN6/2001
5988-3041ENHigh resolution DNA analysis with the DNA 500 and DNA 1000 LabChip kitsAN5/2001